蒙城縣城區現有污水處理廠兩座，其中(zhōng)蒙城縣清流污水處理廠位于老城區東側，建設規模3萬噸/日，2005年開(kāi)工(gōng)建設，2007年8月建成運行，2011年完成除磷脫氮技術改造，主要收集處理老城區約10.2平方公裡範圍内的生(shēng)活污水；蒙城縣污水處理二廠位于城南(nán)經濟開(kāi)發區柳林路與莊子大(dà)道交叉口，一(yī)期工(gōng)程2.5萬噸/日規模于2012年4月開(kāi)工(gōng)建設，2013年8月建成運行并通過環保竣工(gōng)驗收，主體(tǐ)工(gōng)藝采用卡魯塞爾2000型氧化溝+絮凝沉澱活性砂過濾工(gōng)藝，剩餘污泥采用闆框式壓濾方式，主要收集處理鲲鵬路以南(nán)城南(nán)新區及道口工(gōng)業園區範圍内的生(shēng)活污水和部分(fēn)工(gōng)業污水。

截止到2014年底，蒙城縣城區污水管網總裡程已達到200公裡，管網已覆蓋整個城市規劃區，城市新區已全部實現雨污分(fēn)流管網，老城區正在進行雨污分(fēn)流管網改造。蒙城縣老城區污水收集系統部分(fēn)區域采用雨污合流管網，部分(fēn)新修改造路段采用雨污分(fēn)流制。